Universidade Federal do Ceará

10-11 de Setembro de 2018

9:00 am - 5:00 pm

Instrutores: Raniere Silva

Auxiliares: Romuere Silva

Etherpad

Informações gerais

A missão da Software Carpentry é ajudar cientistas e engenheiros a serem mais produtivos com menos sofrimento ao ensinar práticas laboratoriais para computação científica. Esse workshop prático irá cobrir conceitos e ferramentas, incluindo design de programas, controle de versão, gerenciamento de dados e automação de tarefas. Participantes são encorajados a se ajudarem e aplicarem o que eles aprenderem em suas próprias pesquisas.

Para mais informações sobre o que ensinamos e porque, leia nosso artigo "Best Practices for Scientific Computing".

Quem: Este curso é destinado alunos de graduação, pós-graduação e outros pesquisadores.

Onde: LabVis. Obtenha direções em OpenStreetMap ou Google Maps.

Requerimentos:

  1. Aceitar o Código de Conduta da Software Carpentry.
  2. Preencher o formulário online para inscrição.
  3. Trazer seu próprio notebook com os programas listados abaixo já instalados.

Contato: Por favor, envie um email para Romuere ou fsombraufc@gmail.com com suas dúvidas.

Programação

Dia 1

09:00 Automatização de tarefas com o terminal Unix
12:00 Intervalo para almoço
13:00 Construindo programas com R
16:00 Revisão

Dia 2

09:00 Controle de Versão com Git
12:00 Intervalo para almoço
13:00 Mais exemplos de programas em R
16:00 Revisão

Etherpad: https://pad.carpentries.org/labvis-2018.
Iremos utilizar o Etherpad listado acima para chat, anotações e compartilhamento de links e pequenos pedaços de código.

Resumo

Unix Shell

  • Arquivos e diretórios
  • Histórico e tab completion
  • Pipes e redirecionamento
  • Laços sobre arquivo
  • Criando e executando shell scripts
  • Encontrando "coisas"

Programming in R

  • Trabalhando com vetores e data frames
  • Lendo e visualizando dados
  • Criando e usando funções
  • Laços e condicionais
  • Usando R pela linha de comando

Controle de versão com Git

  • Criação de repositórios
  • Salvando mudanças de arquivos: add, commit, ...
  • Visualizando mudanças: status, diff, ...
  • Ignorando arquivos
  • Trabalhando na internet: clone, pull, push, ...
  • Resolvendo conflitos
  • Licenças Abertas
  • Onde hospedar seu trabalho e porque

Setup

Para participar de um workshop da Software Carpentry, você vai precisar dos seguintes programas instalados. Além dos softwares listados, você precisa de um navegador web atual.

Bash Shell

Bash é o terminal comumente utilizado. Utilizar um terminal lhe permite fazer tarefas mais complexas de forma mais rápida no seu computador.

Windows

Baixe e instale Git for Windows. Durante a instalação, siga os passos abaixo.

  1. Clique em "Next".
  2. Clique em "Next".
  3. Clique em "Next".
  4. Clique em "Next".
  5. Altere a opção para "Use the Nano editor by default" e clique em "Next".
  6. Mantenha "Use Git from the Windows Command Prompt" selecionado e clique em "Next".
  7. Mantenha "Use the OpenSSL library" selecionado e clique em "Next".
  8. Mantenha "Checkout Windows-style, commit Unix-style line endings" selecionado e clique em "Next".
  9. Mantenha "Use MinTTY (the default terminal MSYS2)" selecionado e clique em "Next".
  10. Clique em "Install".
  11. Clique em "Finish".

"Git Bash" estará disponível entre os programas instalados no "Menu Iniciar".

macOS

O terminal padrão em todas as versões do macOS é o bash e portanto você não precisa instalar nada. Você pode acessar o bash pelo Terminal encontrado em /Applications/Utilities. Você provavelmente vai querer manter o Terminal no dock da sua área de trabalho.

Linux

O terminal padrão normalmente é bash e você não precisa instalar nada. Se sua máquina estiver configurada de maneira diferente você pode abrir um terminal e digitar bash.

Git

Git é um sistema de controle de versão que permite você manter registro de quem faz uma alteração em qual arquivo e quando além de possuir opções para facilmente atualizar seu código em github.com. Você vai precisar de um navegador web suportado (versões atuais do Chrome, Firefox ou Safari, ou Internet Explorer 9 ou superior).

Windows

Git deve estar instalado no seu computador como parte da instalação do Bash (descrito acima).

macOS

Para macOS 10.8 ou superior, instale Git para macOS baixando e executando o instalador "mavericks" mais recente nessa lista. Depois de instalar Git, não existirá nenhum atalho no seu diretório /Applications pois Git é um programa de linha de comando.

Para versões anteriores do macOS utilize o instalador mais recente para a sua máquina disponível nessa lista.

Linux

Se Git ainda não encontra-se disponível na sua máquina você pode instalá-lo via o gerenciador de pacotes da sua distribuição Para Debian/Ubuntu execute sudo apt-get install git e para Fedora execute sudo yum install git.

Editor

Quando você está escrevendo um código, é interessante ter um editor de texto otimizado para a escrita de código, com funcionalidades como utilização de cores para palavras chaves. O editor padrão no macOS e Linux é o Vim, que não é famoso por ser intuitivo. Se você acidentalmente encontrar-se preso nele, tente pressionar ESC, digitar :q! e pressionar ENTER para retornar à linha de comando.

Windows

nano deve estar instalado no seu computador como parte da instalação do Bash (descrito acima).

macOS

nano que deveria estar instalado por padrão. Outras opçôes são Text Wrangler ou Sublime Text.

Linux

nano que deveria estar instalado por padrão. Kate é uma das outras opções para os usuários de Linux.

R

R é uma linguagem de programação que é particularmente poderosa para exploração de dados, visualização, e análises estatísticas. Para interagir com R, nós utilizaremos o RStudio.

Windows

Instale R baixando e rodando este arquivo .exe disponível no CRAN. Além disso, por favor instale o RStudio IDE.

macOS

Instale o R baixando e rodando este arquivo .pkg disponível no CRAN. Além disso, por favor instale o RStudio IDE.

Linux

Você pode baixar os arquivos binários para sua distribuição particular em CRAN. Ou você pode utilizar seu "package manager" (e.g. para Debian/Ubuntu rode sudo apt-get install r-base e para Fedora rode sudo yum install R). Além disso, por favor instale o RStudio IDE.

Agradecimentos

Indivíduos

  • Raniere Silva
  • Fátima Medeiros
  • Romuere Silva

Apoio Financeiro

LABVIS - Laboratório de Visão, Imagens e Sinais